В автоматическом режиме выбора ведомых (MANUAL_CS = 0) вывод SPI0_n_ss_out_3 не работает. При использовании SPI0_n_ss_out_2 сигнал дублируется на SPI0_n_ss_out_3.

Используйте вместо SPI0_n_ss_out_2 и SPI0_n_ss_out_3 любые выводы GPIO в режиме ручного выбора ведомого (MANUAL_CS = 1).

Если во время обмена вывод SPIx_n_ss_in не настроен в режим SPI (PADx_CFG = 1), возникнет ошибка MODE_FAIL, а передача прервётся.

Переведите вывод SPIx_n_ss_in в режим SPI и используйте подтяжку к напряжению питания.